El hotel Ayllón cuenta con dieciocho habitaciones, de las cuales cuatro son junior suites y una adaptada para uso de minusválidos. Con la característica particular de ser todas diferentes, implantadas como están en la estructura orgánica e irregular de la arquitectura popular, todas ellas se decoran con muebles fabricados por ebanistas, teniendo como referencia a los diseñadores del siglo XX. Carpinterías de madera en amplios ventanales y balcones, junto con las paredes y la lencería blanca, hacen del hotel un espacio luminoso y confortable. Todas las habitaciones cuentan con un amplio espacio para el descanso, con vistas que, bien a través de balcones, terrazas o buhardillas, se vuelcan al patio ajardinado o al Casco Histórico. Madera, mármol carrara y formas limpias caracterizan las habitaciones.